Ser Morbier po raz pierwszy powstał pod koniec XIX wieku w niewielkiej wiosce o tej samej nazwie w krainie Franche-Comté. Wytwarzany był przez lokalnych chłopów w dwóch etapach: najpierw umieszczali oni powstały z porannego mleka  skrzep sera w formach a następnie posypywali jego powierzchnię popiołem (który ma właściwości odkażające), aby chronić ser aż do wieczora.